A Proteogenomic View of Synchronous Endometrioid Endometrial and Ovarian Cancer
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Increasing genomics-based evidence suggests that synchronous endometrial and ovarian cancer (SEOC) represents clonally related primary and metastatic tumors. A systematic analysis of the global protein landscape of SEOCs, heretofore lacking, could reveal functional and disease-specific consequences of known genetic alterations, the directionality of metastasis, and accurate histologic markers to distinguish SEOCs from single-site tumors. EXPERIMENTAL DESIGN: We performed a systematic proteogenomic analysis of 29 patients diagnosed with SEOC at three international gynecologic oncology treatment centers (Chicago, Vancouver, and Tübingen). For direct comparison with single-site tumors, we included 9 patients with single-site endometrioid ovarian and 26 patients with single-site endometrioid endometrial cancer (EEC). For all 64 patients, we performed sequencing of a 275-gene cancer panel combined with compartment-resolved mass spectrometry-based proteomics of consecutive tissue sections to compare global (6,000+ proteins), tumor, and stromal proteomes. RESULTS: DNA-based panel sequencing confirmed that most SEOCs are clonally related. Global proteome profiling uncovered pronounced differences between SEOCs and single tumors and underscored the importance of the stromal proteome in defining and identifying SEOCs. We identified molecularly unique SEOC stromal proteomes, which were globally more related to single endometrial cancers. We finally derived a proteomic predictor distinguishing SEOCs from single-site ovarian and uterine tumors. CONCLUSIONS: The integrated proteogenomic data show that SEOCs are distinguishable from endometrioid endometrial or endometrioid ovarian cancer. Based on their proteogenomic similarity to EECs, we conclude that most SEOCs represent primary EECs that have metastasized to the ovary.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».