Chemical Inhibition of Splicing-Related Protein Kinases Reveals Phosphorylation-Driven Regulation of RNA Alternative Splicing in <i>Arabidopsis</i> Seedlings
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Serine / arginine (SR) protein kinases (SRPKs) are capable of transmitting external signals to the spliceosome by phosphorylating SR proteins. In plants, few studies have looked at the regulation of RNA splicing by post-translational modification (PTMs), despite the spliceosome and splicing factor proteins exhibiting extensive phosphorylation. Many of these PTM events have the potential to dramatically change the expression of various genes, such as those involved in abiotic stress. Here, we sought to explore the regulatory function of Arabidopsis thaliana SRPKs in the context of RNA alternative splicing. To do so, we utilized four well-known and well-characterized chemical inhibitors specifically designed to target and inhibit SRPK enzymatic activity. Our data found that SRPK chemical inhibitors SPHINX31 and SRPIN340 induced shorter root development phenotypes and an abolishment of root hair formation. Using a multi-omics approach combining transcriptomics and phosphoproteomics, we find extensive changes in the splicing of genes involved in root development, RNA splicing, cytoskeletal organization, and cell differentiation. We also reveal splicing factors exhibiting differential alternative splicing as well as a down-regulated in their phosphorylation status. Overall, our data indicate that AtSRPKs phosphorylate diverse splicing factors and influence the alternative splicing of genes involved in root development and a wide-range of related pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».