O‐Antigen Gene Cluster Reveals Genomic Variation in Chilean <i>Tenacibaculum dicentrarchi</i> Through Multiplex <scp>PCR</scp>‐Based Genotyping Scheme
Notice bibliographique
Résumé
Tenacibaculum dicentrarchi emerged as a major pathogen in Chilean salmon farming in early 2023, causing 32.9% of Atlantic salmon (Salmo salar) mortalities. Although recent studies have provided valuable insights into T. dicentrarchi through virulence mechanisms and genome analysis, genetic diversity based on the O-antigen gene cluster remains largely unexplored. In this study, we conducted a comparative genomic analysis of O-antigen biosynthesis genes in 30 whole-genome sequenced strains, including the T. dicentrarchi type strain. The analysis identified a single O-antigen gene cluster (O-AGC) consisting of 20 genes involved in the biosynthesis of this component of the lipopolysaccharide layer. Variations in the O-AGC revealed antigenic diversity within the species, allowing classification into four distinct groups, designated Types 1 to 4. Based on these findings, we developed a multiplex PCR-based genotyping scheme, which was successfully applied to 25 bacterial isolates from Chilean fish farms. Most isolates were identified as Type 1 and 3, while Types 2 and 4 were less common, with the same number of isolates. We also investigated whether core genome phylogeny correlated with O-AGC Types by including publicly available genomes from Chile, Norway and Canada. Notably, T. dicentrarchi isolates clustered into two groups: one comprising isolates from Norway and Canada, all belonging to Type 1. Another group consisted of Chilean isolates with diverse O-AGC Types (i.e., 1, 2, 3 and 4), including the type strain. This multiplex PCR approach provided a valuable tool for rapid and reliable typing of T. dicentrarchi, facilitating epidemiological studies and aiding in the selection of appropriate isolates for the vaccine development against tenacibaculosis in fish farms.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».