Determination of the performance of a novel diagnostic test for <i>Clostridioides difficile</i> toxins A and B using latent class analysis
Notice bibliographique
Résumé
(CD) toxin B gene suffer from suboptimal specificity for CDI due to CD asymptomatic colonization. Enzyme immunoassays (EIAs) that detect the presence of CD toxins are more specific for CDI but suffer from low sensitivity. To address this challenge, assays detecting CD toxins were developed using single-molecule array (SIMOA) technology, which have much lower limits of toxin detection than conventional EIAs. In this study, stool specimens from 708 symptomatic patients were aliquoted for testing by cell cytotoxicity neutralization assay (CCNA), toxigenic culture, NAAT, conventional CD toxin EIA, and SIMOA CD toxin EIAs. Using latent class analysis, we calculated the sensitivity and specificity of each of these diagnostic tests for detecting, separately, the presence of CD bacterium, CD toxin gene, and CD toxin. We estimated that the prevalence of CDI in our cohort was 14% (95% credible interval [CI]: 0.11-0.17). While the specificity of NAAT for detecting the presence of CD toxin was 95% (95% CI: 0.94-0.97), its positive predictive value was poor due to the low prevalence of CDI. The specificity of the conventional CD toxin EIA for CDI was excellent, but the sensitivity was only 48% (95% CI: 0.41-0.55). In comparison, the sensitivities of the SIMOA toxins A and B EIAs were 76% (95% CI: 0.67-0.84) and 77% (95% CI: 0.67-0.84), respectively, while maintaining excellent specificity. We conclude that SIMOA CD toxin EIAs are significantly more sensitive than conventional CD toxin EIAs. IMPORTANCE: (CD) toxin B gene have suboptimal specificity due to the presence of CD asymptomatic colonization, while enzyme immunoassays (EIAs) that detect the toxin itself are much more specific but are limited by low sensitivity. New assays for detecting CD toxins were developed using single-molecule array (SIMOA) technology, which have much lower limits of toxin detection than conventional EIAs, potentially improving the sensitivity of these conventional EIAs while remaining highly specific. In this study, we use latent class analysis to evaluate the sensitivity and specificity of different diagnostic tests for CD, including the novel SIMOA toxin assays, in detecting the different CD targets: the presence of CD bacterium, the presence of CD toxin gene, and the presence of CD toxin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».