Transcriptomics Points-of-Departure (tPODs) to Support Hazard Assessment of Benzo[<i>a</i>]pyrene in Early-Life-Stage Rainbow Trout
Notice bibliographique
Résumé
New approach methods (NAMs) are urgently needed to address the significant ethical and economic concerns associated with live animal testing as well as the low throughput associated with current toxicity testing frameworks. NAMs such as rapid mechanistic early-life-stage fish assays are promising alternatives to current hazard assessment approaches, as they can be used to derive toxicity thresholds and guide decision-makers on identifying or prioritizing chemicals of concern. This study aimed to derive benchmark concentrations from RNaseq data (transcriptomic points-of-departure; tPOD) from a short-term exposure study with early life stages of rainbow trout (RBT; Oncorhynchus mykiss ) using benzo[ a ]pyrene (B[ a ]P) as the model compound. tPODs were then calibrated with higher organizational-level responses observed during an extended 28 day exposure period. RBT were exposed from 1 to 28 days post-hatch (dph) to 0.079, 0.35, 1.5, 7.4, and 29 μg/L (28 d time weighted average measured) B[ a ]P, as well as 0.05% dimethyl sulfoxide and water only controls. Benchmark concentration analysis of transcriptomic responses at 4 dph, based on the most sensitive transcriptomic features, yielded tPODs between 0.028 and 0.47 μg/L B[ a ]P. At 28 dph, Cyp1a1 exhibited significantly increased catalytic activity, with biochemical POD, bPOD EROD,28dph of 0.599 μg/L B[ a ]P, while morphometric analysis showed significant growth inhibition in terms of length, with apical POD, aPOD length,28dph of 1.77 μg/L B[ a ]P, with a notable decreasing trend in body weight. A toxicity pathway model constructed from genes and apical end points exhibiting concentration-dependent responses provided further evidence supporting the utility of tPODs from short-term RBT early-life-stage assay to support chemical risk assessment to guide decision-makers in chemical testing prioritization.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».