Probing the Interactions of Cytochrome c with Anionic Phospholipid Nanodiscs Using Millisecond Hydrogen–Deuterium Exchange Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide The interplay between the anionic phospholipid cardiolipin (CL) and cytochrome c (cyt c) holds significance in the early stages of apoptosis. Despite identification of up to four potential sites of interaction between cytochrome c and cardiolipin bearing membranes, the exact mode of interaction remains unexplained, especially given that some of the putative binding surfaces are mutually exclusive. In this study, we utilize millisecond time-resolved electrospray ionization hydrogen–deuterium exchange mass spectrometry (TRESI-HDX-MS) to investigate conformational and dynamic changes in cytochrome c in the presence of various phospholipids (DMPC, POPG, and CL) incorporated into nanodiscs. We observe that, among the proposed binding sites, the adjacent “L”- and “A”-sites exhibited a decrease in deuterium exchange, while the “N” site remained unperturbed, suggesting a specific orientation of cytochrome c with respect to cell membranes upon binding. We also demonstrate that negatively charged phospholipids with physical differences ( i.e ., POPG and CL) exhibit essentially the same interaction with cytochrome c, supporting the utility of POPG nanodiscs as a model for cytochrome c–membrane interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».