Improving detection of potato virus X resistance genes Rx1 and Rx2 in tetraploid potato using optimized PCR and KASP markers
Notice bibliographique
Résumé
Potato virus X (PVX) seriously threatens global potato cultivation, necessitating a deeper understanding of the genetic mechanisms responsible for resistance. The Rx1 and Rx2 genes play a pivotal role in breeding potatoes with broad-spectrum PVX resistance. However, current DNA markers for these genes present uncertainties, as they are found in both resistant and susceptible materials, complicating the identification of the responsible resistance gene. This study aimed to develop robust high-throughput molecular markers, specifically Kompetitive Allele-Specific PCR (KASP) markers, to reliably detect the Rx1 and Rx2 genes. Genetic polymorphism analysis of seven resistant and four susceptible potato genotypes revealed seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) and one insertion-deletion (Indel), along with corresponding amino acid changes in the Rx1 and Rx2 protein sequences. Based on these variations, high-throughput molecular markers were developed. Notably, the primer pairs Rx1-1R-F + Rx1-5R-R and Rx2-1R2-F + Rx2-2R2-R showed high accuracy, detecting Rx1 and Rx2 genes without false positives or false negatives. Optimized multiplex PCR protocols also demonstrated strong potential in simultaneously detecting both genes. KASP markers targeting SNPs at positions 2 515 (G to C) in the Rx1 CDS and 2 445 (C to G) in the Rx2 CDS efficiently differentiated between heterozygous resistant and homozygous susceptible genotypes. Furthermore, these markers effectively identified Rx1 and Rx2 genotypes in 243 and 133 progenies across multiple crosses. Progenies that tested positive for Rx1 and Rx2 through PCR or KASP assays exhibited extreme resistance (ER) to PVX, while negative progeny was susceptible. These findings highlight the potential of the developed markers to accelerate the breeding cycle and improve the production of PVX-resistant potato varieties.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».