Porcine circovirus type 2 (PCV2) genomic diversity in Canadian swine diagnostic samples collected from 2021 to 2023: Highlighting PCV2d and PCV2e genotypes.
Notice bibliographique
Résumé
Objective: In light of growing concerns regarding potential increases in porcine circovirus type 2 (PCV2)-associated diseases in Quebec between 2021 and 2022, the objective was to characterize PCV2 genotype diversity in Canada. Samples and procedure: A total of 54 analyzed samples (2021 to 2023) either were submitted by veterinarians to the Molecular Diagnostic Laboratory (MDL) of the Centre de Diagnostic Vétérinaire de l'Université de Montréal (CDVUM) or were collected from pigs necropsied at the Quebec Ministry of Agriculture, Fishery and Food (MAPAQ) laboratories. The sick pigs from which samples were collected had various clinical signs, including those of PCV2-associated diseases. Whole-genome sequencing for PCV2 was done either by Sanger sequencing from 2 PCR amplicons covering the entire viral genome or by high-throughput sequencing. Results: The main PCV2 subtype identified as circulating in Canada was PCV2d (48.1%). Only 1 strain clustered into the PCV2e subtype (1.9%). In previous reports, PCV2b was the main subtype present in the field. However, only 5 PCV2b sequences (9.3%) were identified in 2022 and 2023. Conclusion and clinical relevance: This is apparently the first official identification of PCV2d and 2e genotypes in diseased Canadian pigs. Results also provided an overview of PCV2 strains now circulating in Canada compared to reports from 2007 to 2008.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».