Updating global estimates of pathogen-attributable diarrhoeal disease burden: a methodology and integrated protocol for a broad-scope systematic review of a syndrome with diverse infectious aetiologies
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Sustaining declines in global infectious disease burden will increasingly require efforts targeted to specific aetiological agents and common transmission pathways, particularly in this era of global change and human interconnectivity accelerating transmission and emergence of infectious pathogens. Systematic reviews and meta-analyses can be an effective and resource-efficient method for synthesising evidence regarding disease epidemiology for a wide range of pathogens and are the evidence source used by initiatives like the Planetary Child Health and Enterics Observatory (Plan-EO) and the WHO to determine the aetiology-specific epidemiology of diarrhoeal disease. Therefore, we developed this integrated systematic review methodology and protocol that aims to compile a database of published prevalence estimates for 17 diarrhoea-causing pathogens as inputs for disease burden estimation. Methods and analysis We will seek estimates of the prevalence of each endemic enteric pathogen estimated from published population-based studies that diagnosed their presence in stool samples from both asymptomatic subjects and those experiencing diarrhoea. The pathogens include the enteric viruses adenovirus, astrovirus, norovirus, rotavirus and sapovirus, the bacteria Campylobacter , Shigella , Salmonella enterica , Vibrio cholerae and the Escherichia coli (E. coli) pathotypes enteroaggregative E. coli , enteropathogenic E. coli , enterotoxigenic E. coli and Shiga-toxin-producing E. coli and the intestinal protozoa Cryptosporidium , Cyclospora , Entamoeba histolytica and Giardia . Meta-analytical methods for analyses of the resulting database (including risk of bias analysis) will be published alongside their findings. Ethics and dissemination This systematic review is exempt from ethics approval because the work is carried out on published documents. The database that results from this review will be made available as a supplementary file of the resulting published manuscript. It will also be made available for download from the Plan-EO website, where updated versions will be posted on a quarterly basis. PROSPERO registration number CRD42023427998.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,315 | 0,449 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,008 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,021 | 0,025 |
| Bibliométrie | 0,038 | 0,032 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,008 |
| Communication savante | 0,010 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,013 |
| Intégrité de la recherche | 0,011 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,023 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».