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Enregistrement W4409141565 · doi:10.1101/2025.04.01.25325049

Current Limitations of Electronic Health Record Systems in Supporting Pragmatic Clinical Trials: Insights from the eMERGE Consortium

2025· preprint· en· W4409141565 sur OpenAlexaff
Kavishwar B. Wagholikar, Jennifer A. Pacheco, Allan Gordon, Atlas Khan, Bahram Namjou Khales, Barbara Benoit, Benjamin J. Kerman, Chunhua Weng, Casey Ta, Cynthia A. Prows, Robert D. Johnson, Dan M. Roden, David R. Crosslin, Elizabeth M. McNally, Elizabeth W. Karlson, Frank Mentch, Gail P. Jarvik, Georgia L. Wiesner, Hakon Hakonarson, James J. Cimino, Jeritt G. Thayer, Jordan W. Smoller, Jodell E. Linder, John J. Connolly, Josh F. Peterson, Josh Cortopassi, Krzysztof Kiryluk, Marwan Hamed, Mary Maradik, Megan J. Puckelwartz, Mohammadreza Naderian, Nephi Walton, Nita Limdi, Devi Priyanka Maripuri, Theresa L. Walunas, Vivian S. Gainer, Yuan Luo, Cong Liu, Eimear E. Kenny, Angelica Espinoza, Robb Rowley, Wei-Qi Wei, Shawn N. Murphy

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueEthics in Clinical Research
Établissements canadiensColumbia College
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNorthwestern UniversityChildren's Hospital of PhiladelphiaCincinnati Children's Hospital Medical CenterMassachusetts General Hospital
Mots-clésHealth recordsPsychological interventionClinical trialElectronic health recordClinical decision support systemMedical recordMedicineHealth careMedical educationNursingComputer scienceDecision support systemData miningPolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pragmatic clinical trials (PCTs) evaluate interventions in real-world settings, often using electronic health records (EHRs) for efficient data collection. We report on the challenges in performing EHR analysis of healthcare provider orders in a PCT within the eMERGE consortium, which investigates the impact of reporting genome-informed risk assessments (GIRA) to over 25,000 patients across 10 academic medical centers. Clinical informaticians conducted a landscape analysis to identify approaches for evaluating the outcomes of GIRA reporting through the EHR. Of 98 identified outcomes, 54 (55.1%) were determined to be difficult to extract because they involved provider orders, which are typically documented in free text or proprietary formats within the EHR and only mapped to standardized codes after the service is completed. These findings highlight a critical barrier in using EHRs to support PCTs. The authors recommend closer collaboration between clinicians and informaticians, improved EHR systems that support standardized order entry, and future use of machine learning to automate analysis of provider behavior in clinical trials.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,509
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,710
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Devis d'étudeSignal candidat: Qualitatif · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,491
Score d'incertitude au seuil0,606

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,5090,710
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0050,008
Études des sciences et des technologies0,0030,009
Communication savante0,0280,020
Science ouverte0,0060,014
Intégrité de la recherche0,0060,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,677
Tête enseignante GPT0,629
Écart entre enseignants0,048 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeQualitatif
DomaineMéthodes
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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