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Enregistrement W4409148148 · doi:10.1038/s41592-025-02635-0

The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations

2025· article· en· W4409148148 sur OpenAlexafffund
Rommie E. Amaro, Johan Åqvist, İvet Bahar, Federica Battistini, Adam Bellaiche, Daniel Beltrán, Philip C. Biggin, Massimiliano Bonomi, Gregory R. Bowman, Richard A. Bryce, Giovanni Bussi, Paolo Carloni, David A. Case, Andrea Cavalli, Chia‐en A. Chang, Thomas E. Cheatham, Margaret S. Cheung, Christophe Chipot, Lillian T. Chong, Preeti Choudhary, G. Andrés Cisneros, Cecilia Clementi, Rosana Collepardo‐Guevara, Peter V. Coveney, Roberto Covino, T. Daniel Crawford, Matteo Dal Peraro, Bert L. de Groot, Lucie Delemotte, Marco De Vivo, Jonathan W. Essex, Franca Fraternali, Jiali Gao, Josep Lluis Gelpí, Francesco Luigi Gervasio, Fernando D. González‐Nilo, Helmut Grubmüller, Marina Guenza, Horacio V. Guzman, Sarah Harris, Teresa Head‐Gordon, Rigoberto Hernandez, Niu Huang, Xuhui Huang, Gerhard Hummer, Javier Iglesias‐Fernández, Jan H. Jensen, Shantenu Jha, Wanting Jiao, William L. Jorgensen, Shina Caroline Lynn Kamerlin, Syma Khalid, Charles A. Laughton, Michael Levitt, Vittorio Limongelli, Erik Lindahl, Kresten Lindorff‐Larsen, Sharon M. Loverde, Magnus Lundborg, Yun Luo, F. Javier Luque, Charlotte I. Lynch, Alexander D. MacKerell, Alessandra Magistrato, ‪Siewert J. Marrink, Hugh Martin, J. Andrew McCammon, Kenneth M. Merz, Vicent Moliner, Adrian J. Mulholland, Sohail Murad, Athi N. Naganathan, Shikha Nangia, Frank Noé, Agnes Noy, Julianna Oláh, Mary Jo Ondrechen, José N. Onuchic, Alexey V. Onufriev, Sílvia Osuna, Giulia Palermo, Anna R. Panchenko, Sergio Pantano, Carol A. Parish, Michele Parrinello, Alberto Pérez, Tomas Perez-Acle, Juan R. Perilla, B. Montgomery Pettitt, Adriana Pietropaolo, Jean‐Philip Piquemal, Adolfo B. Poma, Matej Praprotnik, Maria J. Ramos, Pengyu Ren, Nathalie Reuter, Adrián E. Roitberg, Edina Rosta, Carme Rovira, Benoı̂t Roux, Ursula Röthlisberger, Karissa Y. Sanbonmatsu, Tamar Schlick, Alexey К. Shaytan, Carlos Simmerling, Jeremy C. Smith, Yuji Sugita, Katarzyna Świderek, Makoto Taiji, Peng Tao, D. Peter Tieleman, Irina G. Tikhonova, Julian Tirado‐Rives, Iñaki Tuñón, Marc W. van der Kamp, David van der Spoel, Sameer Velankar, Gregory A. Voth, Rebecca C. Wade, Arieh Warshel, Valerie Vaissier Welborn, Stacey D. Wetmore, Travis J. Wheeler, Chung F. Wong, Lee‐Wei Yang, Martin Zacharias, Modesto Orozco

Notice bibliographique

RevueNature Methods · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineDecision Sciences
ThématiqueScientific Computing and Data Management
Établissements canadiensUniversity of LethbridgeUniversity of CalgaryQueen's University
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesRIKENRIKEN Center for Biosystems Dynamics ResearchUniversity of MissouriTechnische Universität MünchenUniversity of BristolQueen's University BelfastSouthern Methodist UniversityNational Tsing Hua UniversityDirectorate for Biological SciencesQueen's UniversityEuropean CommissionUniversity of ChicagoUniversity of LethbridgeUniversity of Southern California
Mots-clésComputer scienceComputational biologyNanotechnologyBiologyMaterials science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,067
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,279
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,992
Score d'incertitude au seuil0,355

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0670,279
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0040,010
Communication savante0,0060,015
Science ouverte0,0080,008
Intégrité de la recherche0,0060,015
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,133
Tête enseignante GPT0,561
Écart entre enseignants0,428 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations56
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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