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Enregistrement W4409171933 · doi:10.1039/d4ra06955b

Identification of acrylamide-based covalent inhibitors of SARS-CoV-2 (SCoV-2) Nsp15 using high-throughput screening and machine learning

2025· article· en· W4409171933 sur OpenAlexafffund
Teena Bajaj, Babak Mosavati, Lydia H. Zhang, Mohammad S. Parsa, Huanchen Wang, Evan Kerek, Xueying Liang, Seyed Amir Tabatabaei Dakhili, Eddie Wehri, Silin Guo, Lauren M. Orr, Mohammad R. K. Mofrad, Julia Schaletzky, John R. Ussher, Xufang Deng, Robin E. Stanley, Basil P. Hubbard, Daniel K. Nomura, Niren Murthy

Notice bibliographique

RevueRSC Advances · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesHenry Wheeler Center for Emerging and Neglected DiseasesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institute on Drug AbuseNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institute of Environmental Health SciencesInnovative Genomics InstituteNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Mental HealthOklahoma Center for the Advancement of Science and TechnologyNational Institutes of HealthCystic Fibrosis Foundation
Mots-clésHigh-throughput screeningIdentification (biology)AcrylamideComputational biologyChemistryDrug discoveryCombinatorial chemistryComputer scienceBiochemistryBiologyOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<3, zero violations to Lipinski's rules, and no apparent pan-assay interference (PAINs) properties. In addition, based on this data as a training set, we developed an artificial intelligence (AI) model that accelerated the hit to lead process and had a 73% accuracy for predicting new acrylamide-based Nsp15 inhibitors. Collectively, these results demonstrate that acrylamide fragments have great potential for developing Nsp15 inhibitors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,040
Tête enseignante GPT0,346
Écart entre enseignants0,306 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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