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Enregistrement W4409187187 · doi:10.1038/s41467-025-58465-3

The Estonian Biobank’s journey from biobanking to personalized medicine

2025· review· en· W4409187187 sur OpenAlexaff
Lili Milani, Maris Alver, Sven Laur, Sulev Reisberg, Toomas Haller, Oliver Aasmets, Erik Abner, Helene Alavere, Annely Allik, Tarmo Annilo, Krista Fischer, Robin J. Hofmeister, Georgi Hudjashov, Maarja Jõeloo, Mart Kals, Liis Karo-Astover, Silva Kasela, Anastassia Kolde, Kristi Krebs, Kertu Liis Krigul, Jaanika Kronberg, Karoliina Kruusmaa, Viktorija Kukuškina, Kadri Kõiv, Kelli Lehto, Liis Leitsalu, Sirje Lind, Laura Birgit Luitva, Kristi Läll, Kreete Lüll, Kristjan Metsalu, Mait Metspalu, René Mõttus, Mari Nelis, Tiit Nikopensius, Miriam Nurm, Margit Nõukas, Marek Oja, Elin Org, Marili Palover, Priit Palta, Vasili Pankratov, Kateryna Pantiukh, Natalia Pervjakova, Natàlia Pujol‐Gualdo, Anu Reigo, Ene Reimann, Steven Smit, Diana Rogozina, Dage Särg, Nele Taba, Harry-Anton Talvik, Maris Teder‐Laving, Neeme Tõnisson, Mariliis Vaht, Uku Vainik, Urmo Võsa, Burak Yelmen, Tõnu Esko, Raivo Kolde, Reedik Mägi, Jaak Vilo, Triin Laisk, Andres Metspalu

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2025
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesResearch Executive AgencyHORIZON EUROPE Framework ProgrammeEesti TeadusagentuurTartu ÜlikoolEuropean Commission
Mots-clésBiobankPersonalized medicineEstonianPrecision medicineGenomicsMedicineTranslational medicineData scienceBioinformaticsComputer scienceGeneticsBiologyPathologyGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Large biobanks have set a new standard for research and innovation in human genomics and implementation of personalized medicine. The Estonian Biobank was founded a quarter of a century ago, and its biological specimens, clinical, health, omics, and lifestyle data have been included in over 800 publications to date. What makes the biobank unique internationally is its translational focus, with active efforts to conduct clinical studies based on genetic findings, and to explore the effects of return of results on participants. In this review, we provide an overview of the Estonian Biobank, highlight its strengths for studying the effects of genetic variation and quantitative phenotypes on health-related traits, development of methods and frameworks for bringing genomics into the clinic, and its role as a driving force for implementing personalized medicine on a national level and beyond.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,005
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0040,003
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,407
Écart entre enseignants0,357 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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