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Enregistrement W4409189262 · doi:10.1016/j.ymeth.2025.03.019

Optimized toolkit for the manipulation of immortalized axolotl fibroblasts

2025· article· en· W4409189262 sur OpenAlexaff
Benjamin Tajer, Glory Kalu, S. Loeffler Jay, Eric Wynn, Antoine Decaux, Paul Gilbert, Hani D. Singer, M. Kidd, Noora Harake, Noah J. Lopez, Nathan R. Souchet, Anna G. Luong, Aaron M. Savage, Sangwon Min, Alparslan Karabacak, Sebastian Böhm, Ryan T. Kim, Tim Froitzheim, Konstantinos Sousounis, Katherine Courtemanche, Jihee Han, Duygu Payzin‐Dogru, Steven J. Blair, Stéphane Roy, Ji‐Feng Fei, Elly M. Tanaka, Jessica L. Whited

Notice bibliographique

RevueMethods · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Interference and Gene Delivery
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Eye InstituteNational Institute of General Medical SciencesHarvard Stem Cell InstituteStudienstiftung des Deutschen VolkesNational Natural Science Foundation of ChinaFaculty of Arts and SciencesHuman Frontier Science ProgramNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésAxolotlImmortalised cell lineComputational biologyCell biologyBiologyChemistryComputer scienceCell cultureGeneticsRegeneration (biology)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The axolotl salamander model has broad utility for regeneration studies, but this model is limited by a lack of efficient cell-culture-based tools. The Axolotl Limb-1 (AL-1) fibroblast line, the only available immortalized axolotl cell line, was first published over 20 years ago, but many established molecular biology techniques, such as lipofectamine transfection, CRISPR-Cas9 mutagenesis, and antibiotic selection, work poorly or remain untested in AL-1 cells. Innovating technologies to manipulate AL-1 cells in culture and study their behavior following transplantation into the axolotl will complement in-vivo studies, decrease the number of animals used, and enable the faster, more streamlined investigation of regenerative biology questions. Here, we establish transfection, mutagenesis, antibiotic selection, and in-vivo transplantation techniques in axolotl AL-1 cells. These techniques will enable efficient culture with AL-1 cells and guide future tool development for the culture and manipulation of other salamander cell lines.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,414
Score d'incertitude au seuil0,213

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,395
Écart entre enseignants0,365 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
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Résumé présentoui

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