An inhibitor-free, versatile, fast, and cheap precipitation-based DNA purification method
Notice bibliographique
Résumé
Nucleic acid purification is a key step in molecular biology workflows, and especially critical in synthetic biology. Two common techniques are phenol chloroform extraction and silica column adsorption. We have determined that commercial silica columns appear to elute a currently unidentified substance that can inhibit subsequent enzymatic reactions if not sufficiently diluted. To resolve this inhibition, we have developed a novel purification approach in which we achieve simultaneous protein removal and DNA precipitation through the application of chaotropic salts and alcohol/polyethylene glycol. While prior DNA precipitation approaches require 2 steps to remove protein and precipitate DNA, and 4 steps to remove RNA and precipitate DNA, our method accomplishes all of them in a single step. Our approach matches the speed and versatility of silica column purification while additionally being substantially cheaper, as well as avoiding restrictions on the maximum size of purified DNA fragments and the need for gel extraction to remove primer dimers below 700 bps. Our purification technique has also enabled us to uncover an important insight into nucleic acids: Gibson Assembly generates mainly linear DNA that transforms poorly into the cloning host E. coli, which is linked to suboptimal levels of functional colony formation after transformation. We show that decreasing the concentration of the linear DNA by 100-fold dramatically increases circularization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».