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Enregistrement W4409261143 · doi:10.21105/joss.07754

sbi reloaded: a toolkit for simulation-based inference workflows

2025· article· en· W4409261143 sur OpenAlexaff
Jan Boelts, Michael Deistler, Manuel Gloeckler, Álvaro Tejero-Cantero, Jan-Matthis Lueckmann, Guy Moss, Peter Steinbach, Thomas Moreau, Fabio Muratore, Julia Linhart, Conor Durkan, Julius Vetter, B. Miller, Miriam Herold, Abolfazl Ziaeemehr, Matthijs Pals, Theo Gruner, Sebastian Bischoff, Nastya Krouglova, Richard Gao, Janne K. Lappalainen, Bálint Mucsányi, Felix Pei, Auguste Schulz, Zinovia Stefanidi, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Cornelius Schröder, Faried Abu Zaid, Jonas Beck, Jaivardhan Kapoor, David Greenberg, Pedro J. Gonçalves, Jakob H. Macke

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Open Source Software · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineDecision Sciences
ThématiqueScientific Computing and Data Management
Établissements canadiensInnovation Cluster (Canada)
Organismes subventionnairesBundesministerium für Bildung und ForschungAgence Nationale de la RechercheEngineering and Physical Sciences Research CouncilDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean Commission
Mots-clésWorkflowComputer scienceInferencePython (programming language)Programming languageR packageComputer graphics (images)Software engineeringArtificial intelligenceDatabase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Scientists and engineers use simulators to model empirically observed phenomena.However, tuning the parameters of a simulator to ensure its outputs match observed data presents a significant challenge.Simulation-based inference (SBI) addresses this by enabling Bayesian inference for simulators, identifying parameters that match observed data and align with prior knowledge.Unlike traditional Bayesian inference, SBI only needs access to simulations from the model and does not require evaluations of the likelihood-function.In addition, SBI algorithms do not require gradients through the simulator, allow for massive parallelization of simulations, and can perform inference for different observations without further simulations or training, thereby amortizing inference.Over the past years, we have developed, maintained, and extended sbi, a PyTorch-based package that implements Bayesian SBI algorithms based on neural networks.The sbi toolkit implements a wide range of inference methods, neural network architectures, sampling methods, and diagnostic tools.In addition, it provides well-tested default settings but also offers flexibility to fully customize every step of the simulation-based inference workflow.Taken together, the sbi toolkit enables scientists and engineers to apply state-of-the-art SBI methods to black-box simulators, opening up new possibilities for aligning simulations with empirically observed data.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,023
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Logiciel · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,035
Score d'incertitude au seuil0,118

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,023
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,004
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0030,004
Science ouverte0,0070,006
Intégrité de la recherche0,0020,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0350,019

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,154
Tête enseignante GPT0,452
Écart entre enseignants0,297 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreLogiciel

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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