High-pressure room-temperature crystallography reveals catalytic lid dynamics even in the absence of ligands
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Enzymes undergo local and large-scale conformational changes as required to execute each step in their catalytic cycle. Typically, ligand binding and establishment of all protein-ligand interactions generates new protein conformations essential to the chemical transformation. Without the ligand interactions, apo protein crystals often do not have sufficient interactions/bonds to adopt the catalytically “ready” conformation, an obstacle to structural studies when in crystallo binding is not possible. We have explored the use of pressure to perturb interactions and the energy landscape so as to induce active conformations. Using a diamond anvil cell at CHESS crystallography beamline 7B2, we subjected crystals of the metabolic enzyme phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK) containing only one of two ligands required for catalysis to pressures up to 4.5 kbar. PEPCK is a well-characterized system with a gating active site loop that must adopt a “closed” conformation for catalysis to occur. We show how high pressure measurements can reveal catalytically active conformations even when all ligands required for closure at ambient pressure and temperature are not present. We will also describe tips and tricks in using the diamond anvil cell to collect high pressure crystallographic data.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle