TraG-edy to Triumph: How Challenges in Crystallisation Efforts of TraG Led to Success
Notice bibliographique
Résumé
For many projects involving the structural solution of a protein, a high-resolution crystal structure is a desirable goal for completing the project. However, protein crystallisation is a bottleneck to success; what do you do if a protein never crystallizes, and you don't have access to cryo-EM? TraG is a desirable structural target; it is a protein found in F-like Type IV Secretion Systems (T4SS) for the transmission of mobile DNA elements in gram-negative bacteria, serving as a major contributor to antibiotic resistance (Figure 1)1. TraG is essential in preventing redundant DNA transfer through a process termed entry exclusion, and the protein has no homologs with solved structures. Structural studies of TraG revealed the presence of a dynamic region between the N- and C-terminal domains of the protein; thermofluor, circular dichroism, collision induced unfolding mass spectrometry and SEC-MALS-SAXS experiments guided the design of mutants to lower flexibility and promote protein crystallisation. Despite years of effort and a variety of crystallisation techniques employed, a diffraction-quality crystal was not obtained. However, this led to similar examinations of other proteins in the F-like T4SS, which were then found to have dynamic regions as well and provided context to how the conjugative T4SS operates as a complex (Figure 2).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,018 | 0,026 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,007 |
| Communication savante | 0,009 | 0,013 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,013 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».