TraG-edy to Triumph: How Challenges in Crystallisation Efforts of TraG Led to Success
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
For many projects involving the structural solution of a protein, a high-resolution crystal structure is a desirable goal for completing the project. However, protein crystallisation is a bottleneck to success; what do you do if a protein never crystallizes, and you don't have access to cryo-EM? TraG is a desirable structural target; it is a protein found in F-like Type IV Secretion Systems (T4SS) for the transmission of mobile DNA elements in gram-negative bacteria, serving as a major contributor to antibiotic resistance (Figure 1)1. TraG is essential in preventing redundant DNA transfer through a process termed entry exclusion, and the protein has no homologs with solved structures. Structural studies of TraG revealed the presence of a dynamic region between the N- and C-terminal domains of the protein; thermofluor, circular dichroism, collision induced unfolding mass spectrometry and SEC-MALS-SAXS experiments guided the design of mutants to lower flexibility and promote protein crystallisation. Despite years of effort and a variety of crystallisation techniques employed, a diffraction-quality crystal was not obtained. However, this led to similar examinations of other proteins in the F-like T4SS, which were then found to have dynamic regions as well and provided context to how the conjugative T4SS operates as a complex (Figure 2).
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle