Altered huntingtin−chromatin interactions predict transcriptional and epigenetic changes in Huntington's disease
Notice bibliographique
Résumé
While progressive striatal gene expression changes and epigenetic alterations are a prominent feature of Huntington's disease (HD), the mechanistic basis remains poorly understood. Using chromatin immunoprecipitation and sequencing (ChIP-seq), we show that the huntingtin protein (HTT) reproducibly occupies specific locations in the mouse genome. Striatal HTT ChIP-seq peaks were enriched in coding regions of spiny projection neuron identity genes that were found to have reduced expression in HD patients and mouse models, and had reduced occupancy in expanded polyglutamine HTT knock-in mice (HttQ111/Q111). By contrast, HTT occupancy was depleted near genes that are upregulated in HD. ChIP-seq of striatal histone modifications revealed genotype-specific colocalization of HTT with active chromatin marks and enhancer of zeste homolog 2 (EZH2), a key enzymatic component of the PRC2 complex. In the vicinity of genes that are differentially regulated in HD, greater HTT occupancy in HttQ111/Q111 vs wild-type mice was associated with increased EZH2 occupancy, increased H3K4me3 levels and decreased H3K27me3 levels. Our study suggests that HTT-chromatin interactions may play a role in organizing chromatin and promoting cell type-specific gene expression, with HTT occupancy predicting transcriptional dysregulation in HD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».