<i>Helicobacter pylori</i> culture positivity and antimicrobial susceptibility profiles (Vancouver, Canada)
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Helicobacter pylori is associated with gastrointestinal diseases including gastritis and peptic ulcers. Despite its significance, there is a scarcity of antimicrobial susceptibility testing (AST) data available for this organism in North America. OBJECTIVES: The aim of this study was to assess the AST profile and identify factors associated with H. pylori culture positivity in a cohort of patients with refractory H. pylori undergoing gastric biopsies. METHODS: We retrospectively reviewed gastric biopsy specimens received for culture between July 2009 and February 2023. We analyzed specimen transport time, Gram smear results, direct urease test findings, culture positivity and AST profiles. Using gradient strip methodology and European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing breakpoints, AST was conducted for amoxicillin, clarithromycin, metronidazole, levofloxacin and tetracycline. RESULTS: Of 579 biopsy samples received for H. pylori culture, 228 (39.4%) tested positive. Samples transported within <1 h had significantly higher odds (1.81 times, P < 0.015) of being culture positive compared to those with longer transport times. Smear-positive samples had substantially higher odds (18.8 times, P < 0.001) of culture positivity compared to smear-negative. Urease-positive samples demonstrated notably higher odds (7.7 times, P < 0.001) of culture positivity compared to urease-negative samples. The collection of isolates from gastric biopsies showed susceptibility rates of 97.3% to amoxicillin, 99.1% to tetracycline, 50.4% to levofloxacin, 25.9% to metronidazole and 12.9% to clarithromycin. CONCLUSIONS: Short sample transport time was associated with improved H. pylori recovery rates. In this cohort of refractory H. pylori cases, susceptibility rates were high for amoxicillin and tetracycline and low for clarithromycin, metronidazole and levofloxacin. Susceptibility rates remained stable over time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».