Escape from X-chromosome inactivation at <i>KDM5C</i> is driven by promoter-proximal DNA elements and enhanced by domain context
Notice bibliographique
Résumé
Over 20% of human X-linked genes escape from X-chromosome inactivation (XCI), and are important contributors to sex differences in gene expression. Candidate factors involved in escape have been identified through enrichment analyses and include both regional as well as promoter-proximal elements; however, functional testing is limited. Using both in vivo and in vitro mouse models, we refine a region of just 2.6 kb of the human escape gene KDM5C as able to drive escape from XCI. Transgenes of mouse Kdm5c escape XCI; however, human KDM5C is one of three escape genes in a more than 200 kb region, so we initially tested a BAC transgene containing a full-length version of the gene with a reporter insertion. Contrary to our expectation, this transgene failed to escape from XCI. To understand why, we moved to a mouse embryonic stem cell system and tested the BAC transgene without the reporter cassette. Despite being separated from other human escape genes, and also being tested in a different species, human KDM5C was able to escape from XCI, suggesting that the reporter integration disrupted or separated critical escape elements. We refined escape-essential sequences to only 2.6 kb including the promoter, exon 1 and contiguous 1.6 kb of the first intron, consistent with previous studies demonstrating local elements are sufficient for escape. Interestingly, dual copy insertions showed higher escape, suggesting that while local elements are important drivers for escape, the size or number of escape genes in a region can boost inactive X expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».