Chemical composition, sequence context, and base-pairing potential of posttranscriptional modifications at the wobble position of the tRNA anticodon loop
Notice bibliographique
Résumé
It is well accepted that RNA is frequently and diversely modified, with the anticodon stem loop of transfer RNA (tRNA) containing the largest number and types of chemical substitutions. Nevertheless, the roles many modifications play in cells remain unclear. The present study consolidates and expands our current knowledge of tRNA modifications at position 34 (wobble position) using a range of bioinformatics and computational techniques. Sequence analysis of 474 tRNAs clarifies the position 34 modifications identified to date at each parent nucleotide across all domains of life. Subsequent analysis of 1291 cryo-EM or X-ray crystal structures of ribosomal complexes led to the curation of a dataset of 468 high-resolution structures of position 34 base-pair interactions with messenger RNA (mRNA). Despite highlighting that structural information is scarce for several canonical base-pairing combinations and nucleotide modifications, the structural data hint that modifications can have differential impact on the base pairing at position 34. Due to limited experimental structural data for position 34 modifications, density functional theory calculations were used to characterize 120 pairs involving canonical and/or modified nucleobases, revealing that some chemical substituents do not impact base-pairing properties of parent nucleotides regardless of modification size, while others slightly alter inherent base pairing or afford completely new base-pairing properties to fine-tune tRNA–mRNA interactions. Overall, consolidation of previous and newly-generated data suggests that position 34 modifications likely regulate translation in several ways and underscores the importance of incorporating computational analyses in the future analysis pipeline as modifications are identified.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».