Multifacets in silico study of Plant Defensin 1.1 protein (PDF1.1) in <i>Brassica rapa</i> (turnip)
Notice bibliographique
Résumé
Brassica rapa (turnip) belongs to the Brassicaceae family. Due to the diseases caused by fungal pathogens such as Erysiphe cruciferarum, Alternaria japonica, and Alternaria brassicae, the yield of B. rapa was reduced in many Asian and European countries. Plant defensins (PDFs) are proteins that have antifungal properties. This research aimed to comprehend the key attributes of B. rapa PDF 1.1s by incorporating a wide range of in silico approaches. Initially, we explored orthologues of PDF 1.1 in B. rapa through Blastp in Phytozome v.13 which highlighted fourteen different orthologues. Afterward, by using Mega X, the homology of B. rapa PDF1.1 proteins with Arabidopsis thaliana PDF1.1 proteins was also inferred. While, the results of NCBI CD show that these proteins possessed a common domain, i.e., gamma-thionin. The major findings of this study included the crucial characteristics of PDF1.1 proteins that were explored by utilizing the PANZZER2 web server and BlastKOALA, which proposed that these proteins possessed degradation ability of pathogen’s cells and were also found to be involved in a mitogen-activated protein kinase signaling pathway. Overall, this research provided a better understanding of the crucial contribution of B. rapa PDFs 1.1 under biotic stress specifically, the pathogenic fungal attack.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».