Validation of a rapid on-farm culture system for group classification of clinical mastitis-causing pathogens
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this diagnostic accuracy study was to compare the use of a rapid tube test system (MastDecide [MD]; Quidee GmbH, Homberg, Germany) to aerobic milk culture for group classification of mastitis pathogens in dairy cattle. A total of 204 milk samples from cows with clinical mastitis (CM) were collected across 60 dairy herds in Ontario, Canada. Samples were collected by dairy producers and their staff and transported refrigerated to the University of Guelph Animal Health Laboratory (Guelph, ON, Canada) on the day of collection. Each sample was tested via MD (gram-positive, gram-negative, or "no growth") and via aerobic milk culture followed by MALDI-TOF (reference method [RM]). The MD and RM results were interpreted at 14 and 24 h after incubation, respectively. An additional assessment was performed regarding the accuracy of intramammary antibiotic treatment decisions (gram-positive: to treat; gram-negative and "no growth" samples: not to treat). Test performance characteristics (overall accuracy, sensitivity [Se], specificity [Sp], and positive [PPV] and negative predictive value [NPV]) as well as Cohen's kappa coefficient (κ) were calculated. The RM results were classified as gram-positive (n = 107, 53%), gram-negative (n = 20, 10%), "no growth" (n = 51, 25%), other pathogens (n = 21, 10%), and mixed growth (gram-positive and gram-negative; n = 5, 3%). The Se of the MD test was 58% (95% CI: 47%-67%), 40% (19%-64%), and 61% (50%-72%) for gram-positive, gram-negative, and "no growth," respectively. The Sp of the MD test was 73% (63%-81%), 84% (78%-89%), and 75% (66%-82%) for gram-positive, gram-negative, and "no growth," respectively. The PPV of the MD test was 68% (57%-78%), 22% (10%-39%), and 62% (50%-73%) for gram-positive, gram-negative, and "no growth," respectively; and the NPV was 63% (54%-72%), 93% (87%-96%), and 74% (65%-82%) for gram-positive, gram-negative, and "no growth," respectively. The overall test accuracy for Gram stain classification analysis was 57%, with a κ of 0.30. Regarding intramammary antibiotic treatment, the MD test yielded a correct decision relative to the RM for 65% of the cases. Using this on-farm test as a primary guide in CM treatment decisions should be approached with caution, as the risk of false negatives may affect the ability to effectively treat CM cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».