The fate of artificial transgenes in Acanthamoeba castellanii
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The soil amoeba Acanthamoeba castellanii is an emerging model organism with which to study a wide range of biomedical, microbiological, and evolutionary phenomena. While transformation systems were established for this organism more than two decades ago, the fate of artificial transgenes has not been well characterized. In this study, artificial transformation experiments were performed to investigate how the A. castellanii genome responds to foreign DNA presented in both circular and linear plasmid form. RESULTS: Nanopore sequencing was used as a high throughput method to screen for transgene DNA in the resulting transformant cultures, and candidate transgene integrations were identified. Molecular biology experiments were performed to validate the sequence data and provide additional context on the fate of transgenes. A method was devised to estimate the rate of read chimerism in nanopore sequencing runs and accurately account for the effects of read chimerism in identifying putative transgene integrations. Based on the experimental data in hand, a potential mechanism for transgene maintenance in A. castellanii is proposed, one in which incoming foreign DNA is tandemly duplicated and telomeres are added to the ends. CONCLUSIONS: Our results suggest that transformation of A. castellanii with foreign DNA leads to linear molecules that are maintained as telomere-containing, transgene-bearing minichromosomes, which may facilitate chromosomal integration. This process may allow lateral gene transfer by expanding the window of opportunity for exogenous DNA to be taken up and integrated into the A. castellanii genome. Similar mechanisms exist in other eukaryote groups, suggesting this may be a widespread feature of eukaryote genome biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».