First identification and whole-genome characterization of human-associated Enterobacter roggenkampii and Enterobacter sichuanensis carrying blaIMI-4 carbapenemase in Costa Rica
Notice bibliographique
Résumé
• Two Enterobacter isolates from Costa Rica carrying the rare chromosomal bla IMI-4 gene are reported. • The genetic variant associated with carbapenem resistance is embedded within a 25-kb integrative mobile element resembling EcloIMEX-2. • This study highlights the urgent need to incorporate next-generation genomic tools into active antimicrobial resistance surveillance to enable the timely detection of emerging and unusual antimicrobial resistance genes, thereby improving epidemiological monitoring and patient outcomes. All carbapenem-resistant Gram-negative bacterial isolates obtained in the Costa Rican National Network of Bacteriology Laboratories are routinely referred to the National Reference Center for Bacteriology for the national-laboratory for the surveillance and characterization of their carbapenem-related mechanism of resistance. As a result of this healthcare-associated infection surveillance, two bacterial isolates with unknown mechanisms for carbapenem resistance were investigated. The isolates were subjected to taxonomic identification, antimicrobial susceptibility testing, and whole-genome characterization, using Illumina and Oxford Nanopore technologies, and bioinformatic analyses. The isolates were identified as Enterobacter roggenkampii and Enterobacter sichuanensis . Although the isolates presented different antimicrobial resistance profiles, both were resistant to carbapenems, positive for the modified carbapenem inactivation method (mCIM), and showed inhibition of carbapenem resistance with boronic acid. The full characterization of the isolates’ genomes, revealed the presence of the rare chromosomal bla IMI-4 gene inserted within 25-kb integrative mobile elements, closely related to EcloIMEX-2. The limited global distribution of the bla IMI-4 variant, along with its identification in two distinct bacterial species in Costa Rica within integrative mobile elements, underscores the critical need for regular antibiotic resistance surveillance using next-generation sequencing technologies. This study demonstrates that this practice allows the timely detection of novel or rare mechanisms of antibiotic resistance.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».