Role of virus‐mediated lysis in spatiotemporal dynamics of prokaryotic communities in river–estuary–coastal ecosystems
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Viral lysis accounts for approximately 50% of prokaryotic mortality, significantly influencing the diversity, composition, and succession of prokaryotic communities. Despite its importance, the specific influence of viral lysis on seasonal dynamics within aquatic ecosystems remains poorly understood. In this study, we investigated the seasonal dynamics of prokaryotes in the river–estuary–coastal ecosystem surrounding Xiamen Island and explored the environmental factors and virus‐mediated cell lysis driving microbial seasonal successions across spatiotemporal scales. A taxon‐specific cell lysis was applied to evaluate the contribution of viral lysis to seasonal variations in prokaryotes. Our findings revealed distinct spatiotemporal successions within the prokaryotic community structure, where temporal‐related factors, spatial‐related factors, and virus‐mediated cell lysis contribute comparably to the seasonal variation of prokaryotes. The viral lysis controls on prokaryotic structures were determined by a significant negative correlation between the total microbial community and the cell lysis index (CLI) from amplicon sequence variant (ASV) to order levels. Viral lytic shaping on prokaryotic communities was more pronounced in the estuary–coastal compared to the river region, with similar seasonal variations noted. Specific ASVs, such as ASV3 (Nitrosopumilales), ASV2 (Synechococcales), ASV16 (Nitrosopumilales), and ASV17 (Oceanospirillales) were significantly correlated with CLI, highlighting the pivotal role of viral lysis in their seasonal succession. This study highlights the intricate interplay between microbial populations and viral lysis across spatiotemporal scales, enhancing our understanding of how top‐down (virus‐mediated cell lysis) and bottom‐up (environmental factors) controls drive the seasonal variations in prokaryotic communities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».