Genomic Characterization of NDM‐1 Harboring Extensively‐Drug Resistance <i>Klebsiella pneumoniae</i> Isolate From ICU‐Admitted Patient With COVID‐19
Notice bibliographique
Résumé
Currently, carbapenem‐resistant Klebsiella pneumoniae (CR‐KP) strains, particularly those producing New Delhi metallo‐beta‐lactamase (NDM), are increasingly recognized as a significant threat to global health. The present study aimed to conduct a genomic analysis of an NDM‐1‐producing CR‐KP strain isolated from patients with coronavirus disease of 2019 (COVID‐19) admitted to the intensive care unit (ICU). The K. pneumoniae isolate was obtained from the bronchoalveolar lavage fluid of a 68 year‐old male patient hospitalized in the ICU with COVID‐19 at Besat Hospital in Sanandaj, Iran. The minimum inhibitory concentrations (MICs) for 15 antibiotics were determined using the VITEK 2 system. Genomic analysis of the isolate was performed using whole genome sequencing. The CRKP‐51 strain was identified as an extensively drug‐resistant (XDR) strain, exhibiting resistance to all tested antibiotics except tigecycline (MIC = 2 μg/mL). The highest resistance values were recorded against sulfamethoxazole‐trimethoprim (SXT), nitrofurantoin (NIT), and piperacillin‐tazobactam (TZP), with MICs of ≥ 320, 256 μg/mL, and ≥ 128 μg/mL, respectively. Multilocus sequence typing revealed that CRKP‐51 belonged to sequence type 15 (ST15). The IncHI1B replicon type associated with this strain harbored several resistance genes, including b l a N D M −1 , armA , msrE , mphE , BRP (MBL), b l a O X A −1 , aadA 2, dfrA 12, qnrB 1, b l a C T X − M −15 , and cat 1. High‐risk K. pneumoniae clones, such as ST15, are increasingly associated with antimicrobial resistance and the emergence of XDR strains in ICUs. Additionally, the global dissemination of the NDM enzyme occurs through various plasmid replicon types. Therefore, monitoring local epidemiology is essential for the effectiveness of antimicrobial stewardship programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».