Transient Receptor Potential Channels in Prostate Cancer: Associations with ERG Fusions and Survival
Notice bibliographique
Résumé
Calcium movement and concentration in the cell plays significant roles in normal physiology and in diseases such as cancer. The significance of this ion in oncogenesis suggests that membrane-relevant proteins are involved in its regulation and are deregulated in various cancers. These channels and transporters could be targets for therapeutic interventions. An evaluation of the expression of transient receptor potential (TRP) channels in prostate cancer was performed using publicly available genomic and proteome data. Two TRP family members with high expression in prostate cancers, TRPML2 and TRPM4, were chosen for further analysis the uncover the associations of their level of expression with clinical and pathologic prostate cancer characteristics. Several TRP channels were expressed in prostate cancers at the protein level including TRPM4, TRPML1, TRPML2, TRPC1 and TRPP3. At the mRNA level, MCOLN2 and TRPM4 were strongly expressed in a sub-set of prostate cancers. Cases with high MCOLN2 mRNA expression were associated with frequent ERG fusions and a trend for better survival outcomes. In contrast, prostate cancer cases with high TRPM4 mRNA expression were associated with lower ERG fusion frequency than cases with low TRPM4 mRNA expression. The prognosis of prostate cancers with high TRPM4 expression was not different from the prognosis with counterparts having low TRPM4 mRNA expression. TRP channels were expressed in sub-sets of prostate cancers. The two well-expressed channels of the super family, TRPML2 and TRPM4, have divergent associations with the most prevalent prostate cancer molecular aberrations, ERG fusions. These results imply diverse regulations of the TRP channels that would have to be taken into consideration when devising therapeutic interventions targeting individual channels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».