Use of Metagenomic Microbial Plasma Cell-Free DNA Next-Generation Sequencing Assay in Outpatient Rheumatology Practice
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To assess the utility of a metagenomic microbial plasma cell-free DNA next-generation sequencing assay (Karius Test [KT]) in the evaluation of patients in an outpatient rheumatology practice. METHODS: All patients with a KT ordered and obtained by a rheumatology provider in the outpatient setting from January 1, 2020, through December 31, 2022, were retrospectively identified. Demographic, clinical, laboratory, radiologic, histopathology, and microbial studies were abstracted. Indication for KT testing was categorized. KT results were defined based on positive result and clinical relevance regarding the symptoms under investigation at the time of the rheumatologic investigation. Review of cases 3 months after KT was undertaken to determine clinical outcome. RESULTS: One hundred fifty patients with a KT were included (52.7% female, mean age 52 years). The reason for KT was evaluation of atypical presentation of rheumatic disease (80%), assessing flare vs infection in patients on immunosuppression (16.7%), and fever of unknown origin (3.3%). Twenty-four (16%) KTs were positive, 6 of which were considered clinically relevant and altered the final diagnosis and treatment. Of the 126 negative KTs, 5 (4%) were found to have a clinically relevant infection by conventional testing methodologies. CONCLUSION: In this large retrospective cohort study, the most frequent reason for KT utilization was an atypical presentation of rheumatic disease. One out of 4 positive KTs altered the final diagnosis and treatment. False negative rates were low. KT has utility in outpatient rheumatology assessments. Further delineation of which patients are best suited for KT testing remains to be defined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».