Molecular features of T and N stage progression in laryngeal cancer
Notice bibliographique
Résumé
• Compared early and late stage genomic & molecular features in LSCC samples and between supraglottic and glottic samples. • Significant differences in exome, transcriptome and methylation patterns were observed. • NOTCH1 mutation was associated with nodal involvement in supraglottic cancers. • NOTCH1 mutation was prognostic for poorer overall survival in laryngeal cancer. • c-JUN methylation and downstream gene expression were upregulated in late N-stage glottic cancers. • Homeobox genes (HOXB7, HOXB9) were upregulated in late stage supraglottic cancers. Laryngeal squamous cell cancer (LSCC) is a common type of head and neck cancer that is typically unrelated to human papilloma virus (HPV) infection. Late-stage laryngeal cancers are associated with greater morbidity due to obstructive symptoms, and poorer overall survival. Using data from The Cancer Genome Atlas (TCGA), we analyzed 112 patient LSCC samples, comparing patient proteome, transcriptome and genome between early and late T and N samples. We observed significant differences in SNV frequency for various genes between the early and late-stage groups. Most notably we observed that NOTCH1 mutation, which was more frequent in late N-stage supraglottic cancers, was also associated with poorer patient survival in LSCCs. Methylation analysis also revealed changes in JUN gene methylation in late N glottic cancers. Transcriptomic analysis revealed differential expression in c-JUN, HOXB7 and HOXB9 transcript levels, suggesting potential involvement of these pathways in progression and nodal involvement. Our findings illustrate that LSCC undergoes distinct molecular changes associated with different stages and subsites. We observed multiple potential markers for progression, metastases and survival, including NOTCH1 mutation, which may aid as prognostic indicators in future studies.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».