Changes in histone abundance and post-translational modifications in Rana [Lithobates] catesbeiana tissues during temperature-mediated thyroid hormone-induced metamorphosis
Notice bibliographique
Résumé
Amphibian metamorphosis involves thyroid hormone (TH)-dependent postembryonic remodeling of differentiated tissues as a tadpole transforms into a frog. Rana [Lithobates] catesbeiana (American bullfrog) metamorphosis can be precociously induced in premetamorphic tadpoles by treatment with exogenous TH. However, metamorphosis is temperature-dependent and does not occur at 5 °C, even with TH treatment. Remarkably, exposure to TH at 5 °C establishes a molecular memory that primes the tadpole for an accelerated metamorphosis when shifted to a permissive temperature (24 °C). Previous research suggests that histone post-translational modifications (PTMs) and the incorporation of histone variants are altered upon cold temperature exposure in the presence and absence of TH. Herein, we use mass spectrometry to analyze the histone composition of premetamorphic R. catesbeiana blood, liver, and tailfin following TH injection at a permissive temperature (24 °C), a non-permissive temperature (5 °C), and a shifted condition (5 → 24 °C). Using stringent selection criteria, we identified tissue- and temperature-specific changes in the abundance and putative PTMs of chromatin-binding proteins, including histones. Linker histone variant H1.0 abundance increased in all three tissues following TH treatment under permissive temperatures only. TH-dependent changes in the abundance of methyl-CpG binding protein 2 (MeCP2) and high mobility group (HMG) proteins were temperature- and tissue-specific. PTMs, including variations in H3K27 and H3K36 methylations in the liver, were differentially abundant following TH treatment under the different temperature conditions. We also identified newly discovered HMGB2 methylation marks that exhibited temperature-specific changes in abundance following TH treatment. These observations suggest that epigenetic variations may contribute to early TH signaling events and to molecular memory.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».