Optimization and clinical evaluation of a 5.8S rRNA quantitative PCR assay for the diagnosis of talaromycosis
Notice bibliographique
Résumé
Talaromyces marneffei is a dimorphic fungus endemic in Southeast Asia that causes the invasive fungal disease talaromycosis in immunocompromised individuals. Detection of T. marneffei nucleic acid in blood by PCR has demonstrated potential as a diagnostic tool for talaromycosis, but previously developed assays have limited sensitivity. This study described the optimization of a quantitative PCR (qPCR) assay for the diagnosis of talaromycosis. Our assay performance was maximized by testing different primers, methods of cell lysis and DNA extraction, whole blood vs. plasma, and methods of specimen treatment, using mean quantification cycle (Cq) values to compare performance. Our qPCR assay achieved the highest analytical sensitivity of 1 yeast cell per mL of whole blood, using primers targeting the 5.8S ribosomal DNA, cell lysis by bead beating, and DNA extraction by the MasterPure Yeast Purification Kit. There was no cross-reactivity observed with six Penicillium species and nine clinically related fungal isolates. In a case-control, diagnostic validation study of 138 cases of talaromycosis and 30 controls with other invasive fungal diseases and opportunistic infections, our 5.8S qPCR assay detected T. marneffei in 99.0% (101/102, 95% CI: 94.6%-99.9%) of blood culture-positive and 55.6% (20/37, 95% CI: 38.1%-72%) of blood culture-negative patients. Overall, our 5.8S qPCR assay had significantly higher sensitivity compared to conventional BACTEC blood culture, 87.7% (95% CI: 80.7%-92.5%) vs. 73.9% (95% CI: 65.6%-80.8%, P < .001), and the specificity was 96.7% (95% CI: 80.9%-99.8%). Our 5.8S qPCR assay has potential as a non-invasive and rapid rule-in test for talaromycosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».