Pathogen and Gene Expression Profiles of Atlantic Salmon From an Endangered Population
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The role of pathogens in impacting the behaviour and fate of salmonids has been studied extensively for some selected pathogens such as sea lice. However, the whole pathobiome of the fish are seldom considered and may confound and influence the study species in situ. In this study, we investigated the presence of pathogens in returning adult wild and hatchery salmon in the river Vosso using gill samples analysed in high‐throughput PCR with a selection of assays targeting different fish pathogens. In addition, the samples were analysed for gene expressions that have been previously linked to imminent mortality, thermal stress, and inflammation related biomarkers. These data were linked to the behaviour of the individual fish collected from acoustic telemetry tags inserted in the abdomen of the fish. Previous analyses have suggested that the behaviour of the hatchery and wild salmon in this study area is different; however, there was no evidence that the pathobiome or the gene expression of the two groups of salmon (39 wild and 14 hatchery) could explain the behavioural differences between these two groups. Furthermore, neither pathogen profile nor gene expressions had a significant relationship between metrics of behaviour or survival of the fish. Results suggest that gene expression and pathogen screenings are insufficient to predict fates of migrating salmon. The Vosso salmon is a threatened population in Norway after collapsing in the 1980s; these data contribute to ongoing efforts to identify factors that are limiting the recovery of this population after decades of poor returns.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».