Abstract 5541: Dissecting chemotherapy resistance development in triple negative breast cancer through single cell multiome and lineage tracing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Triple negative breast cancer (TNBC) is a breast cancer subtype that manifests fast disease progression and very poor overall survival. Despite initial response to standard of care, development of therapy resistance remains the major challenge in TNBC clinical management. Delineating the mechanisms underlying resistance development has been impeded by the still unknown cell population of origin and lack of longitudinal molecular profiling. To investigate this question, we applied a CRISPR based lineage tracing system into TNBC cell lines. Longitudinal samples from an Antibody Drug Conjugate (ADC), Sacituzumab Govitican sensitive to resistance were collected in vitro via stepwise drug dose escalation and in vivo via xnenograft serial transplantation. We leveraged cellular barcoding with single cell multiome from 10X genomics to simultaneously capture clonal identity, accessible chromatin and gene expression and hence, directly linked lineage with functional cell states. Preliminary results suggest that TNBC cells adopted distinct cell states shortly after drug exposure with characteristics including upregulation of epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) genes, stemness markers and downregulation of immune related pathways. Clonal level analysis revealed only a subset of clones survived initial treatment and are enriched in specific “primed” cell states. Next, we will construct single cell lineage trees and quantify clonal dynamics and cell state transition rates. We will identify and validate regulators of cellular plasticity and explore if potential drug combinations will prevent emergence of resistance cell state. Overall, this study will build a comprehensive map of the phenotypic trajectory towards chemotherapy resistance and pinpoints biomarkers of therapy response in triple negative breast cancer. Citation Format: Chufan Zhang, Chu Pan, Dave Cescon, Mathieu Lupien. Dissecting chemotherapy resistance development in triple negative breast cancer through single cell multiome and lineage tracing [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 5541.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».