Abstract 6475: Characterizing peri-tumoral tertiary lymphoid structures in non-muscle invasive bladder cancer using a spatial whole transcriptomics approach
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Intravesical Bacillus Calmette-Guérin (BCG) immunotherapy is the gold standard for high-risk NMIBC, however over half of patients experience early recurrence or disease progression, highlighting the need for reliable predictive biomarkers. Our previous research identified that B cell dominant peri-tumoral tertiary lymphoid structures (TLSs) evolve during chronic carcinogenesis in a subset of patients who experience early recurrence or progression. TLSs generally correlate with favorable outcomes following treatment with immune checkpoint inhibitors, chemotherapy or oncolytic viruses. In contrast, their abundance in peri-tumoral regions in BCG-naïve NMIBC tumors associates with poor prognosis. This highlights the importance of their in-depth characterization and further exploring their biomarker potential in NMIBC. Methods: Peri-tumoral TLSs and tumor epithelial regions were profiled using the NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler based whole transcriptome analysis. Multiplex Immunofluorescence was performed to infer spatial profiles of B, T and myeloid cell functional states as well as immune checkpoint proteins. Results: Spatial whole transcriptome analysis displayed increased expression of genes associated with antigen presentation, complement activation, B cell recruiting chemokines, and immunoglobulins in the TLSs regions. Tumor epithelial regions located adjacent to TLSs showed elevated expression of genes reflective of a luminal subtype. Increased PD-1+ cells in the peri-tumoral regions and enrichment of luminal subtype genes in the epithelial compartment indicated cancer cell intrinsic aggressive features associated with immune exclusion. Conclusion: The novel findings from this study will help establish peri-tumoral TLSs as biomarkers for predicting BCG therapy response, enabling early identification of patients who may benefit from alternative immunomodulatory treatments like oncolytic viruses, gemcitabine-docetaxel chemotherapy, or immune checkpoint inhibitors. Citation Format: Kartik Sachdeva. Characterizing peri-tumoral tertiary lymphoid structures in non-muscle invasive bladder cancer using a spatial whole transcriptomics approach [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 6475.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
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