Abstract 7410: Make it better and faster: a retrospective study examining the introduction of an agnostic, reflexive, and expanded pathological protocol for lung cancer patients in Saskatchewan, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Lung cancer evaluation for Saskatchewan patients involves an initial histologic or cytologic diagnosis rendered to the thoracic surgeon, followed by an oncologist consult. The oncologist initiates tissue biomarker testing for advanced stage patients at the first patient visit, and treatment guidance is determined once this is available. This multi-step process ranges 25-39 days from biopsy to treatment-critical information. We sought to reduce this delay and increase actionable mutation rates by implementing stage-agnostic, pathologist-initiated, expanded biomarker reflex testing. We also sought to determine if these changes would lead to improved times to treatment amongst the various populations throughout our unique provincial population considering pathologic testing for lung cancer patients occurs in one of the major population centers, Saskatoon. Methods: 1064 patients were included in the study and examined 18 months of data pre-and post-algorithm change. The differences between actionable mutation rate were examined using a T-test. Multivariable logistic regression models were used to estimate confidence intervals (CI) for the associations between independent factors and time to treatment from biopsy. The initial algorithm of advanced stage, parallel immunohistochemistry (IHC) for ALK, ROS, 22c3 PDL1 and DNA next-generation sequencing with ThermoFisher Oncomine for KRAS/BRAF/EGFR was updated to stage agnostic DNA triage panel for KRAS/BRAF/EGFR and PDL-1 IHC with all driver-negative patients reflexed to a ThermoFisher Oncomine Fusion panel with 49 actionable mutational targets. Results: 394 patients (pre algorithmic change) and 670 (post change) were examined. An increased detection rate of actionable mutation of 6.7% was noted with post-algorithmic changes. This included an increase of X ALK and Y ROS patients and X MET14 and NTRK patients. Biopsy to biomarker reporting decreased from 40.4 days to 29.7 days (-26%). Furthermore, prior to the implemented change, biopsy to treatment time was 30 days for patients residing near or in Saskatoon, and 37 days for those residing near or in Regina, and 28 and 30 days post algorithmic change, respectively. Conclusions: Patient biomarker results at the first oncologist visit are paramount to timely treatment of the patient. Saskatoon was able to maintain the same turnaround time (TAT) despite an increased number of patients being tested. Regina, despite being a major center, still shows an increased TAT due to the time it takes to transfer the patient material across the province. While an updated protocol increases biomarker equity for patients across the province, interventions need to be targeted to ensuring patients do not suffer untimely delay by not being in a biomarker testing center. Citation Format: Nicholas Jette, John Decoteau, Hui Wang, Darryl Yu, Mary Kinloch. Make it better and faster: a retrospective study examining the introduction of an agnostic, reflexive, and expanded pathological protocol for lung cancer patients in Saskatchewan, Canada [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 7410.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».