JarrVis: Visualising Taxa-function relationships from meta-omic data
Notice bibliographique
Résumé
Abstract High-throughput sequencing has necessitated and facilitated the development of various computational tools for dissecting the taxonomic structure and molecular function of microbial communities residing in diverse ecological niches. A wide variety of tools and protocols have been developed to process amplicon sequencing as well as meta-omic (metagenomic, metatranscriptomic and genomic) data to generate relative abundances of taxonomic groups or functional categories on a per-sample basis. A key output from many of these protocols is a stratified relative abundance table that specifies the taxonomic contribution to each function. However, there are a very few tools which can effectively visualize the different taxa-function relationships from these stratified outputs. Here we introduce an R Shiny application called JarrVis (Just Another stRatified Rpkm VISualizer) which can visualize the taxa-function relationships resulting from different types of microbiome data. JarrVis can visualize relationships between samples (which can be combined based on metadata categories), the taxa that are detected in these samples (at any given taxonomic level) and the functions encoded by these taxa in an interactive interface. We utilized JarrVis to visualize and examine taxa-function relationships in 1) a 16S amplicon time-series spanning 4 years with samples collected weekly, 2) functions associated with microbial cobalamin biosynthesis and uptake in metagenome-assembled genomes from marine metagenomes and 3) a set of metatrascriptomes from gut samples of patients with Crohn’s Disease, Ulcerative Colitis and non-IBD controls. Our analysis was able recapitulate already published taxa-function relationships as well as discover novel insights from these publicly available datasets. JarrVis and related scripts and data are available at https://github.com/dhwanidesai/JarrVis .
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».