Unveiling the functional nature of retrogenes in dinoflagellates
Notice bibliographique
Résumé
Retroposition is a gene duplication mechanism that uses RNA molecules as intermediaries to generate new gene copies. Dinoflagellates are proposed as an ideal model for exploring this process due to the tagging of retrogenes with DNA-encoded remnants of the dinoflagellate-specific splice-leader motif at their 5' end. We conducted a comprehensive search for retrogenes in dinoflagellate transcriptomes to uncover their functional nature and the processes underlying their redundancy. We obtained a high-confidence set of hypothetical functional retrogenes widespread through the dinoflagellate lineage. Through annotations and gene ontology enrichment analysis, we found that the functional diversity of retrogenes reflects the most prevalent and active processes during stress periods, particularly those involving post-translational modifications and cell signalling pathways. Additionally, the significant presence of retrogenes linked to specific biological processes involved in symbiosis and toxin production underscores the role of retrogenes in adaptation. The expression profile and codon composition similar to protein-coding genes confirm the operational status of retrogenes and strengthen the idea that retrogenes recapitulate parental gene expression and function. This study provides new evidence supporting widespread gene retroposition across dinoflagellates and highlights the functional link of retrogenes with the core activity of the cell.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».