Molecular simulation-based investigation of thiazole derivatives as potential LasR inhibitors of Pseudomonas aeruginosa
Notice bibliographique
Résumé
Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), a very resilient pathogen, demonstrates a diverse array of virulence factors, the expression of which is closely linked to the quorum sensing(QS) mechanism, which facilitates cell-cell interaction. Quorum sensing (QS) inhibition is a promising strategy for combating bacterial infections. LasR, a transcriptional factor that controls the mechanism of QS in P. aeruginosa, is a promising target for therapeutic development, because a lot of research has been done on its structure. It has already been established that thiazoles and their compounds have anti-QS potential against P aeruginosa. The study aims to identify new LasR quorum sensing inhibitors (QSIs) derived from novel thiazoles utilizing a structure-based virtual screening technique using the ZINC database. A complete set of 800 molecules (a novel thiazole derivative library) were docked inside the active region of the LasR receptor before being screened using pharmacokinetic and toxicology studies. Among the derivatives that were examined, compounds D_152, D_153, and L_331 were selected as potential inhibitors of LasR in P. aeruginosa and further studied to obtain a crucial understanding of the binding interactions that take place between inhibitor ligands and LasR. The findings indicated that the pharmacophoric characteristics of the derivative D_152 were comparable to those of the reference thiazole molecule (TC). Moreover, the molecular docking investigations showed that derivative D_152 and reference compound TC both fit the LasR protein's active area well. Furthermore, TC and D_152's amino acid interaction graphs with LasR and CviR are nearly identical. Furthermore, compound D_152's ability to engage with the LasR binding site through the dissolution of the protein's dimer was demonstrated by molecular dynamics modeling tests conducted over a 50 ns time span, demonstrating its function as a LasR antagonist. Additionally, Density Functional Theory (DFT) study was conducted on compound D_152 in order to determine the electron density of a molecule. According to the research findings, the recently produced thiazole derivative (D_152) has the potential to be used as a QSI against the LasR receptor, which would speed up the fight against the pathogenicity of P. aeruginosa that is resistant to multiple drugs.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».