Validation of oral-nasal specimen collection for influenza and respiratory syncytial virus detection
Notice bibliographique
Résumé
Objective: Respiratory virus testing is routinely performed and ways to obtain specimens aside from a nasopharyngeal swab are needed for pandemic preparedness. The main objective is to validate a self-collected oral-nasal swab for the detection of Influenza and respiratory syncytial virus (RSV). Design: Diagnostic test validation of a self-collected oral nasal swab as compared to a provider-collected nasopharyngeal swab. Setting: Emergency Department at Michael Garron Hospital. Participants: Consecutive individuals who presented to the Emergency Department with a suspected viral upper respiratory tract infection were included if they self-collected an oral-nasal swab. Individuals testing positive for Influenza or RSV along with randomly selected participants who tested negative were eligible for inclusion. Interventions: All participants had the paired oral-nasal swab tested using a multiplex respiratory virus polymerase chain reaction for the three respiratory pathogens and compared to the nasopharyngeal swab. Results: 48 individuals tested positive for Influenza, severe acute respiratory coronavirus virus 2 (SARS-CoV-2) or RSV along with 80 who tested negative. 110 were symptomatic with the median time from symptom onset to testing of 1 day (interquartile range 2-5 days). Using the clinical nasopharyngeal swab as the reference standard, the sensitivity was 0.75 (95% CI, 0.43-0.95) and specificity was 0.99 (95% CI, 0.93-1.00) for RSV, sensitivity is 0.67 (95% CI, 0.49-0.81) and specificity is 0.96 (95% CI, 0.89-0.99) for Influenza. Conclusions: Multiplex testing with a self-collected oral-nasal swab for Influenza and RSV is not an acceptable substitute for a healthcare provider collected nasopharyngeal swab primarily due to suboptimal Influenza test characteristics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».