Genomic data support interspecific divergence but reveal limited population structure and cryptic hybridization in <i>Rallus elegans</i> (King Rail) and <i>R. crepitans</i> (Clapper Rail)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Coastal ecosystems across the globe are threatened due to anthropogenic activities and human-mediated climate change. Sea level rise and altered hydrology may lead to increased secondary contact between closely related freshwater and saltwater species, such as Rallus elegans (King Rail) and R. crepitans (Clapper Rail). The 2 rallid species are secretive marsh birds with declining populations and largely uncharacterized population structure. Rallus elegans and R. crepitans are known to hybridize, but the extent of hybridization and introgression have not been studied using modern genomics. Hence, to increase our understanding of the connectivity of R. crepitans populations and their hybridization with R. elegans, we adopted a genomic approach using restriction site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to examine intra- and interspecific variation in single nucleotide polymorphisms (SNPs) from populations along the east coast of North America. We obtained 154 R. crepitans samples from Connecticut, Delaware, North Carolina, South Carolina, and Louisiana and 50 R. elegans samples from North Carolina and Louisiana. In addition, we included 15 putative hybrids collected in Louisiana. Using 8,834 SNPs across the genome, we found that some individuals had been misidentified in the field, including 5 cryptic hybrids from Delaware salt marshes classified as R. crepitans and 16 individuals from Louisiana. There was evidence of hybridization across all sampled populations with more than 20% of sampled individuals having some degree of introgression based on 142 SNPs found to be fixed between the parental species. Our results suggest that R. crepitans is panmictic, and we found no support for the currently described subspecies in the sampling regions. The 2 R. elegans populations show some evidence of differentiation, albeit with weak support.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».