Population Genetic Structure of Three‐Spined Sticklebacks in the St. Lawrence: A Gradient of Change
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Understanding how environmental gradients shape population genetic structure is critical for elucidating evolutionary dynamics in heterogeneous landscapes. The St. Lawrence Estuary, spanning fluvial, middle, and marine zones, presents a steep salinity gradient that serves as an ideal setting to study such a question. Three‐spined sticklebacks (Gasterosteus aculeatus) thrive across these zones, offering an ideal model system to investigate the interplay of gene flow and natural selection in shaping population structure. Using whole‐genome resequencing of sticklebacks from 12 sites, this study aimed to resolve fine‐scale population structure and investigate how genetic diversity and differentiation are influenced by selection and gene flow. By integrating single nucleotide polymorphisms (SNPs) and structural variants (SVs), we assessed differentiation patterns, examined clinal variation, and evaluated the relative roles of gene flow and selection in shaping population dynamics. Our findings reveal clear genetic differentiation between fluvial and saltwater populations, with Baie‐Saint‐Paul forming a potential third group. Salinity emerged as a key driver of genetic structure, with clinal variation in allele frequencies suggesting ongoing adaptation along the gradient. Demographic modeling indicated a history of secondary contact with recent and weak gene flow. Structural variants, particularly indels, complemented SNP‐based analyses, underscoring their importance in detecting fine‐scale population structure. These results highlight the complex interplay of evolutionary forces shaping biodiversity in transitional environments, providing a basis for exploring local adaptation in connected populations and contributing to broader efforts in conservation genomics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».