The effect of fatty acid binding protein-3 exposure on endothelial transcriptomics
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Fatty acid binding protein-3 (FABP3) is released in circulation following myocardial infarction and an increased level of circulatory FABP3 is also reported in peripheral artery disease patients exposing endothelial cells to higher level of FABP3. Recently, loss of endothelial FABP3 was shown to protect endothelial cells against inflammation-induced endothelial dysfunction, however, the effect of FABP3-exposure on endothelial cells is unknown. Accordingly, to study the effect of FABP3-exposure on endothelial cells we performed transcriptomic profiling following recombinant human FABP3 (rhFABP3) treatment to endothelial cells. Method Cultured human endothelial cells were treated with either vehicle or rhFABP3 (50 ng/ml, 6h) and then RNA-sequencing was performed. Gene expression analysis followed by gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analyses were performed to identify differentially expressed genes and affected cellular functions and pathways. Results Differential gene expression analysis revealed kinesin family member 26b ( KIF26B ) as the most upregulated and survival of motor neuron 2 ( SMN2 ) as the most downregulated genes in rhFABP3-treated in comparison to vehicle-treated endothelial cells. Most of the differentially expressed genes were associated with endothelial cell motility, immune response, and angiogenesis. GO and KEGG analyses indicated that rhFABP3 exposure impacts several crucial pathways, prominently “Regulation of leukocyte mediated cytotoxicity” and “Natural killer cell mediated cytotoxicity”, suggesting its involvement in endothelial cell physiology and response mechanisms to cardiovascular stress. Conclusion This is the first study evaluating rhFABP3-induced transcriptomics in human endothelial cells. Our data reveal novel genes and pathways affected by FABP3-exposure to endothelial cells. Further research is necessary to validate these findings and fully understand FABP3’s role in endothelial biology and in cardiovascular diseases like myocardial infarction and peripheral artery disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».