Comprehensive annotation of olfactory and gustatory receptor genes and transposable elements revealed their evolutionary dynamics in aphids
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Understanding the molecular evolution of genes involved in parasite adaptation and the role of transposable elements (TEs) in driving their diversification is key to unraveling how populations adapt to their environments. In phytophagous insects like aphids, olfactory (OR) and gustatory receptor (GR) genes are crucial for host recognition, yet their post-duplication evolution remains insufficiently explored. Here, we analyzed 521 OR and 399 GR genes, alongside TEs, across 12 aphid genomes with varying host ranges. Aphid lineages with broader host ranges exhibited higher evolutionary rates, driven by gene family expansions linked to host interaction, including lipid metabolism, immune function, and transposase activity. The evolution of OR and GR genes post-duplication was shaped by diversifying selection, with bursts of positive selection followed by long periods of purifying selection, consistent with adaptation to new hosts. OR and GR genes originated from proximal and tandem duplications, with younger TE activity enriched near these genes compared to other genomic regions, suggesting a role for TEs in catalyzing tandem duplications and fueling diversification. The star-like topology of the OR phylogenetic tree, low synteny, and recent TE activity around OR genes support a faster evolutionary rate for ORs than GRs - a trend observed in other insect taxa. This study provides insights into molecular mechanisms underlying host adaptation in aphids and presents the first high-quality genome assembly of Dysaphis plantaginea , a major apple pest, with a comprehensive annotation of chemosensory genes and TEs. These resources offer a foundation for research on aphid genome evolution, insect–plant interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».