Ecologically Significant Genetic Loci of <i>P. allii</i> : Contributions to Pathogenesis and Competition
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pantoea allii , one of four Pantoea species known to cause onion center rot, is infrequently isolated from onion compared to its closely related onion-pathogenic sister taxa. To better understand the genomic diversity and genetic determinants of pathogenicity in this species, we analyzed a collection of 38 P. allii strains isolated from two primary ecological niches, plants and water, across three continents using comparative genomics and phylogenetic approaches. Core-genome phylogeny, average nucleotide identity (ANI), and gene presence–absence analyses revealed three genetically distinct lineages. All strains harbored conserved biosynthetic gene clusters (BGCs) for quorum sensing, carotenoid production, siderophores, and thiopeptides. In contrast, two phosphonate BGCs, key determinants of onion pathogenicity, exhibited lineage-specific distributions. Onion-associated strains from Lineages 1 and 2 carried the Halophos BGC associated with onion tissue necrosis, and onion isolates encoded the alt gene cluster conferring thiosulfinate tolerance. Lineage 3 strains, isolated from both onion and rainwater, either lacked a phosphonate BGC loci or carried the HiVir phosphonate BGC. In addition, Lineage 3 strains lacked the alt cluster altogether. The localization of these virulence genes in the genome varied, with Halophos integrated in the chromosome, HiVir encoded on the conserved Large Pantoea Plasmid, and alt located on a small, variable plasmids (plasmid B). The Type IV and Type VI secretion systems showed variable genomic architectures, with plasmid-borne T4SSs and two chromosomal T6SS loci differing in conservation and gene content. Additionally, conserved Pantailocin phage islands were detected in most genomes. Overall, this study reveals that while core metabolic and competitive traits are conserved across P. allii , virulence-associated loci display lineage-specific partitioning, reflecting ecological differentiation and evolutionary plasticity within the species. Impact Statement This study presents a comprehensive comparative genomic analysis of available Pantoea allii genomes, a known onion pathogen. By analyzing 38 strains isolated from plant and water sources across three continents, we uncovered lineage-specific distributions of key virulence genes, alongside conserved genetic traits associated with competition and environmental resilience. These findings clarify the genetic basis of P. allii pathogenesis and highlight its potential as a biocontrol agent, offering broader insights into how ecologically significant loci contribute to the dual roles of plant-associated bacteria as both pathogens and beneficial microbes. Data Summary PENDING
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».