Whole-genome meta-analysis coupled with haplotype analysis reveal new genes and functional haplotypes conferring pre-harvest sprouting in rice
Notice bibliographique
Résumé
Pre-harvest sprouting (PHS), which adversely impacts grain yield and quality, is controlled by seed dormancy genes. However, only a few dormancy-related genes have been characterized, and the effects of allelic variation in genes and the genetic basis of seed dormancy in rice remain largely unknown. Here, we performed a whole-genome meta-quantitative trait loci study to elucidate the genetic basis of seed dormancy in rice. One hundred and sixty-seven QTL were identified for PHS from which 134 were successfully projected onto the reference map yielding 20 consensus regions, meta-QTL (mQTL). The mean confidence interval of the mQTL was narrower (9.56-fold reduction) than that of the initial QTL. Six of the 20 identified mQTL were designated as breeders’ mQTL based on their small confidence intervals, large phenotypic variance explained, and the involvement of high number of QTL. Further, we retrieved 559 high-confidence genes from breeders’ mQTL regions conferring resistance to PHS. Comparative analysis of genes found in breeders’ mQTL loci and an RNA-seq-based transcriptomic dataset discovered 34 common genes. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis revealed a significant enrichment of the common genes in amino sugar and nucleotide sugar metabolism, carbon metabolism, and carbon fixation in photosynthetic organs. Combined in silico expression profiling and qRT-PCR validation showed that LOC_Os10g18364 , LOC_Os10g21940 , LOC_Os10g22590 , and LOC_Os10g25140 exhibited high fold-change expression in PHS resistant cultivar (23xS-261) than PHS susceptible cultivar (23xS-262). Association analysis of these genes with germination rate index demonstrated that LOC_Os10g18364 Hap1 , LOC_Os10g21940 Hap1 , LOC_Os10g22590 Hap1 , and LOC_Os10g25140 Hap1/Hap3 exhibited low germination rate (GR) in cultivars carrying these haplotypes. In summary, this study delineates the genetic basis of PHS and provides a new set of target genes for improving PHS resistance. The natural variants identified in these genes and markers associated with breeders’ mQTL serve as potential resources for incorporating PHS resistance in rice.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».