Overture: an open-source genomics data platform
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Next-generation sequencing has created many new technological challenges in organizing and distributing genomics datasets, which now can routinely reach petabyte scales. Coupled with data-hungry artificial intelligence and machine learning applications, findable, accessible, interoperable, and reusable genomics datasets have never been more valuable. While major archives like the Genomics Data Commons, Sequence Reads Archive, and European Genome-Phenome Archive have improved researchers' ability to share and reuse data, and general-purpose repositories such as Zenodo and Figshare provide valuable platforms for research data publication, the diversity of genomics research precludes any one-size-fits-all approach. In many cases, bespoke solutions are required, and despite funding agencies and journals increasingly mandating reusable data practices, researchers still lack the technical support needed to meet the multifaceted challenges of data reuse. FINDINGS: Overture bridges this gap by providing open-source software for building and deploying customizable genomics data platforms. Its architecture consists of modular microservices, each of which is generalized with narrow responsibilities that together combine to create complete data management systems. These systems enable researchers to organize, share, and explore their genomics data at any scale. Through Overture, researchers can connect their data to both humans and machines, fostering reproducibility and enabling new insights through controlled data sharing and reuse. CONCLUSIONS: By making these tools freely available, we can accelerate the development of reliable genomic data management across the research community quickly, flexibly, and at multiple scales. Overture is an open-source project licensed under AGPLv3.0 with all source code publicly available from https://github.com/overture-stack and documentation on development, deployment, and usage available from www.overture.bio.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,021 | 0,014 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».