Study of Genome-Wide DNA Methylation Profile in a Large Cohort of Patients with 22q11.2 Deletion Syndrome
Notice bibliographique
Résumé
22q11.2 deletion syndrome (22q11.2DS) is the most common chromosomal microdeletion syndrome in humans. The clinical phenotype is variable among different patients, also when they come from the same family, suggesting that nongenetic factors may be implicated in the pathogenesis. Recently, a specific episignature was defined for patients affected with 22q11.2DS. However, it has not been yet clarified whether these changes may reflect the variability of the phenotype observed among different patients. The study is aimed at defining genome-wide DNA methylation profiling in a large cohort of patients, including 63 carrying a deletion on the 22q11.2 chromosome and 5 with clinical features of DGS in whom genetic analysis did not reveal any alteration on the chromosome 22 (DGS-like). Among patients with 22q11.2 deletion, 12 were identified through FISH, suggesting that the deletion includes the proximal region, but information on the extension of the deletion is not available. For the remaining 51 patients, 38 carried the typical A-D deletion, 3 carried an A-B deletion, 7 carried a C-D deletion, while 3 patients carried a deletion downstream the DGS region. The analysis included 20 familial cases from 8 kindred. By selecting the 160 previously published differentially methylated CpG probes (DMPs), we were able to distinguish a specific methylation profile in the group of 38 patients carrying the typical A-D deletion, in the 3 patients carrying the A-B deletion, and in those diagnosed with FISH. On the contrary, the 7 patients carrying the distal C-D deletion, the 3 patients carrying a deletion downstream the DGS region and the DGS-like clustered with the controls. When the analysis was extended to a larger number of DMPs, we observed a gradient among typical deletion, distal deletions, DGS-like, and controls. Interestingly, most of the DMPs were found in the DGS region on the non-deleted allele. Hierarchical clustering also revealed similarities among affected and unaffected members of the different families, suggesting that epigenetic modifications may be partially inherited. These data showed a gradient of DMPs among typical deletion, distal deletions, DGS-like, and controls. This may suggest a correlation between the severity of the clinical phenotype and the degree of DNA methylation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».