Rapid identification of <i>Fusarium</i> species causing head blight in Canada using MALDI-TOF mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight is a limitation to grain production and can be caused by several different Fusarium species. We evaluated the ability of matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) to perform species identifications. The method generates a unique peptide mass fingerprint (PMF) for each sample that can be matched to a reference library. We first created a reference library of PMF profiles for Fusarium species from across Canada. Then, we tested the library to perform identifications using two validation panels. The first panel consisted of 820 fungal isolates from wheat (2021–2023 harvest years) and the second was 74 fungal isolates from oat and barley (2022 harvest year). The species identity of samples from the validation panels was confirmed with high-throughput quantitative PCR using species-specific DNA markers. The first validation panel was mostly F. graminearum and there was 95% overlap between the MALDI-TOF MS and DNA-based identifications. The second panel was mostly F. poae and the identifications from the two methods had 86% overlap. Our findings indicate that MALDI-TOF MS biotyping is sensitive enough to identify Fusarium strains to their species complexes and certain Fusarium strains to the species level.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».